Das „o“ im Namen des Flensborg Yacht Club zeigt es deutlich: Hier handelt es sich um den Segelverein der dänischen Minderheit im Landesteil Schleswig. Auch im Vereinsstander, der die beiden Schleswigschen Löwen zeigt, kommt dies ebenso zum Ausdruck wie in der im Clubhaus neben der deutschen vorherrschenden dänischen Sprache.
Die Wurzeln des Flensborg Yacht Club reichen zurück bis in das Jahr 1936, als in Flensburg der Dansk Juniorsejlclub gegründet wurde. Mit finanzieller Hilfe aus Dänemark, u.a. der Schiffsreeder A.P. Møller und Knud Lauritzen, wurden drei Juniorboote gebaut. Nach Ende des Krieges kamen die Boote, die bei Kriegsausbruch nach Dänemark gebracht worden waren, wieder zurück an die Förde und bildeten den Grundstock des am 26. Juli 1946 gegründeten Flensborg Yacht Club (FYC)